Zmiany względem poprzedniej części serii W stosunku do Europy Universalis II wprowadzone zostały liczne zmiany wpływające na rozgrywkę. Przede wszystkim interfejs został przebudowany na wzór serii Civilization, w założeniu będąc czytelniejszym dla gracza. Na przykład po otwarciu ekranu prowincji gracz otrzymuje wszelkie dane jej dotyczące wraz z przyciskami kierującymi do okien budowli, szkolenia jednostek czy centrum handlu. Inną innowacją jest system powiadomień pojawiających się w postaci ikon, które przedstawiają możliwe działania do wykonania i kierują do odpowiednich okien.
Przekształceniu uległa kwestia wojskowości w grze. Gracz w miarę postępu w rozgrywce nie otrzymuje dowódców historycznych, co miało miejsce w poprzednich częściach serii. Zamiast tego może on zatrudnić wybranych dowódców, zużywając tzw. tradycję wojskową, której wzrost następuje głównie wskutek walk. Oprócz tego trzy podstawowe klasy jednostek (piechota, kawaleria, artyleria) zostały podzielone na różne rodzaje formacji, zależne od krainy geograficznej oraz poziomu technologicznego.