Debiutancki sezon okazał się niezwykle udany dla gdyńskiego zespołu, zajął on wówczas 3. miejsce ulegając jedynie bardziej doświadczonym drużynom Gryfa Toruń oraz Pomorzanina Toruń. Kolejny sezon oraz potencjalny rozwój klubu zostały przerwane przez wybuch II Wojny Światowej.
Okres powojenny KS Kotwica został ponownie zawiązany jesienią 1946 roku, jednak jego rola nie była już na tyle znacząca. W 1947 dokonana została fuzja klubów z rejonu gdyńskiego: ZKS. Kotwica, KS Portowiec oraz KS Marynarz. Zapoczątkowało to okres łączenia przeróżnych stowarzyszeń i klubów sportowych, w wyniku których powołano w 1946 roku Rybacki Klub Sportowy MIR, od którego wywodzi się dzisiejsza Arka. Inną istotną datą jest wiosna 1952 roku, kiedy powstało Koło Sportowe Kolejarz-Arka, wówczas po raz pierwszy w historii klubu użyta została nazwa Arka.
Lata 1953–1979 Rok 1953, to czas reform w polskiej piłce nożnej, wówczas uformowały się IV ligi wojewódzkie. Na podstawie reprezentowanego przez poszczególne kluby poziomu piłkarskiego skompletowano 10 zespołów walczących o mistrzostwo IV klasy rozgrywkowej na Pomorzu. KS Kolejarz „Arka” Gdynia, dzięki dobrej grze przez cały sezon liderowała tabeli i awansowała do III ligi.