Oprócz występów w lidze międzywojewódzkiej, zespół Arki zadebiutował w rozgrywkach o Puchar Polski, gdzie pokonał ŁKS II Łódź 5-2, a w spotkaniu decydującym o awansie do 1/16 pucharu, w takim samym stosunku bramkowym Warmię Olsztyn.
W latach 1954–1964 klub grał między II a III ligą, nastąpiły również kolejne reorganizacje. W roku 1960 nazwę zespołu przekształcono na RKS Arka natomiast tuż przed rozpoczęciem rozgrywek II ligi w sezonie 1964/1965 klubowi nadano nazwę Morskiego Związkowego Klubu Sportowego Gdynia.
Pomimo nazwy MZKS Gdynia, kibice nadal używali nazwy „Arka”. Artykuł na ten temat opublikował „Głos Wybrzeża”, sugerując powrót do tradycyjnej nazwy argumentując to okrzykami kibiców na stadionie „Arka Gola!”. W rezultacie, poprzednia nazwa została przywrócona 9 maja 1972, od tej pory klub nosił miano: Morski Związkowy Klub Sportowy Arka Gdynia. Już w następnym sezonie 1973/1974 drużyna wywalczyła swój pierwszy w historii awans do Ekstraklasy.
W siódmą rocznicę nadania nazwy MZKS Arka Gdynia, 9 maja 1979 roku zespół zdobył Puchar Polski odnosząc w finale rozgrywek zwycięstwo 2-1 nad Wisłą Kraków po bramkach Janusza Kupcewicza i Tadeusza Krystyniaka.