miejsce w I lidze i po 23 latach awansowali do Ekstraklasy.
Jednak po sezonie 2005/2006, po utrzymaniu się w lidze dzięki barażom z Jagiellonią, która zajęła 3 miejsce na drugim szczeblu rozgrywkowym, działacze klubu usłyszeli wraz z innymi pięcioma drużynami zarzuty o udziale w aferze korupcyjnej, która wstrząsnęła polską piłką. 22 marca 2007 roku klub został zawieszony we wszystkich rozgrywkach na jeden miesiąc uniemożliwiając Arce walkę o punkty w lidze czy o półfinał Pucharu Ekstraklasy (w pierwszym ćwierćfinałowym meczu przeciwko Wiśle Płock padł remis 1-1). Późniejszą decyzją, po przeprowadzeniu dochodzenia, zespół został zdegradowany do I ligi, otrzymał 200 tys. złotych kary i pięć punktów minusowych na start następnego sezonu. Mimo tego, iż zespół niezależnie od zajętej lokaty miał zostać zdegradowany, podopieczni Wojciecha Stawowego wywalczyli 11. miejsce w sezonie.
Pomimo tego, iż spadek zazwyczaj wiąże się z ogromnymi problemami finansowo-organizacyjnymi, Arka dzięki właścicielowi Ryszardowi Krauze oraz trenerowi Stawowemu mogła walczyć o powrót do Ekstraklasy w dobrych warunkach.