Udało się zatrzymać sztab trenerski i większość zawodników, Arka startowała w 1 lidze w roli jednego z faworytów do awansu i po udanym sezonie – ze zmianą trenera w tle (Wojciecha Stawowego zastąpił Robert Jończyk) drużyna awansowała ponownie do Ekstraklasy.
mały|Mecz ligowy Polonii Warszawa i Arki Gdynia w sezonie 2009/2010 Po rozegraniu trzech pełnych sezonów w Ekstraklasie, zajmując kolejno 13, 14 i 15 pozycję w lidze, klub na kolejne pięć sezonów musiał pogodzić się z grą na drugim poziomie rozgrywek, gdzie poczynając od sezonu 2011/2012 zajmował kolejno: 7., 5., 4. i 10. miejsce, by ostatecznie na finiszu rozgrywek sezonu 2015/2016 wywalczyć awans na najwyższy szczebel rozgrywkowy.
Sezon 2016/2017 Ten sezon przyniósł Arce kolejne sukcesy. Drużyna będąca beniaminkiem Ekstraklasy, zdołała utrzymać się w lidze oraz po raz drugi w historii klubu zwyciężyć w Pucharze Polski, pokonując w doliczonym czasie gry Lecha Poznań 2-1.
Zwycięstwo to umożliwiło grę w III rundzie eliminacji Ligi Europy, co po występie w Pucharze Zdobywców Pucharów było drugim tak istotnym wydarzeniem w klubowej historii.