Tuż przed rozpoczęciem sezonu 2017/2018 żółto-niebiescy zdołali również pokonać mistrza kraju – Legię Warszawa w karnych 4-2 (1-1), w walce o Superpuchar Polski stając się jedną z najbardziej utytułowanych drużyn piłkarskich z Pomorza.
Od 2017 roku W sezonie 2017/2018 Arka po raz drugi z rzędu awansowała do finału Pucharu Polski, gdzie trafiła na Legię Warszawa. Klub z Gdyni przegrał 1-2 (0-2) i nie zdołał obronić tytułu. Pomimo tego, Arka zagrała w Superpucharze Polski (Legia zdobyła tytuł mistrza Polski oraz wygrała Puchar Polski), gdzie pokonała Legię Warszawa 3-2 (3-2) i zdobyła ten puchar po raz drugi.
Następne lata nie przyniosły Arce szczególnych sukcesów. W sezonie 2018/2019 gdynianie uplasowali się na 13 miejscu w lidze, a sezon 2019/2020 ukończyli na 14. miejscu w lidze, przez co, w związku ze zwiększeniem ilości spadkowiczów do 3 zespołów drużyna spadła do 1 ligi. W sezonie 2020/2021, klubowi udało się po raz czwarty wywalczyć finał Pucharu Polski. Arka zmierzyła się tam z Rakowem Częstochowa i przegrała 1-2 (0-0).