Komplet punktów w czterech ostatnich meczach sezonu zapewnił kielczanom 10. miejsce i utrzymanie w II lidze. Kolejne rozgrywki Korona rozpoczęła serią ośmiu spotkań bez zwycięstwa. Pierwszą wygraną zanotowała dopiero w dziewiątej serii meczów, pokonując w niej Resovię Rzeszów. Ostatecznie drużyna zajęła 13. lokatę, która oznaczała degradacje. W wyniku reorganizacji rozgrywek kielczanie mieli szansę uniknąć spadku, jednak w barażach nie sprostali Broni Radom i po pięciu latach spadli do III ligi. Degradacja spowodowała odejście wielu piłkarzy. Z biegiem czasu zespół uzupełniany był głównie własnymi wychowankami. Już po roku Korona mogła powrócić do grona drugoligowców, ale to Górnik Łęczna dzięki lepszemu bilansowi bramkowemu wywalczył awans.
W 1988 roku na stanowisku trenera zatrudniono ponownie Czesława Palika, przed którym zarząd postawił zadanie awansu do II ligi. O sile zespołu decydowali głównie młodzi wychowankowie, m.in. Wiesław Bartkowski i Paweł Kozak. Nie udało się jednak osiągnąć wyznaczonego celu – klub nie znalazł się nawet na podium, zajmując ostatecznie czwarte miejsce. Trzecią promocję do II ligi Korona uzyskała rok później. Mając w składzie Marka Parzyszka (strzelca 24 goli) drużyna w sezonie 1989/1990 zaliczana była do grona faworytów.