Zinkowi powierzył zarząd diecezji w charakterze prymasowskiego wikariusza generalnego, czym uprawomocnił obowiązki nałożone na niego wcześniej przez konsultorów diecezjalnych. Prymas udzielił także swojemu wikariuszowi uprawnień udzielania sakramentu bierzmowania i niższych święceń duchownych.
Jako rządca diecezji Wojciech Zink kontynuował działalność poprzednika w odbudowie diecezji po okresie wojennym. 1 sierpnia 1951 decyzją prymasa Wyszyńskiego reaktywowana została kapituła warmińska (w liczbie pięciu kanonii rzeczywistych i jednej honorowej), a w lutym 1952 w jej skład został włączony ks. Zink, który otrzymał godność dziekana (jak się później okazało nieważnie, gdyż na syberyjskim zesłaniu żył ks. Alojzy Marquardt, będący dziekanem kapituły już przed wojną). Zink troszczył się o seminarium duchowne (wzrosła liczba kleryków, na potrzeby szkoły zaadaptowano część budynków parafii przy ul. Jagiellońskiej w Olsztynie), a także katechizację i kształcenie katechetów świeckich. Do diecezji przyjmował wielu nowych księży, m.in.