1704–1728 Po powrocie do Hamburga obaj poświęcili się komponowaniu. Mattheson dostał posadę korespondenta i wysłannika-sekretarza angielskiego dworu, co znacznie podniosło jego prestiż w oczach hamburczyków. Posadę tę otrzymał, ponieważ muzyki uczył się u niego młody Anglik Cyrill Wich, syn oficjalnego wysłannika angielskiego w Hamburgu. Sir John Wich uczynił Matthesona - oczytanego i bystrego poliglotę, swym prywatnym sekretarzem w 1706 roku. Gdy Sir John zmarł (1715) Mattheson został sekretarzem jego syna Cyrilla, który odziedziczył po ojcu funkcję.
Johann Mattheson, już jako osobistość, poczuł się obrażony, że Johann Sebastian Bach nie przyszedł go odwiedzić podczas swej wizyty w Hamburgu (1708), więc nie wsparł go swym piórem, a momentami nawet mocno wytykał błędy w technice Bacha.
W roku 1713 wydał pracę z teorii muzyki: Das neu-eröffnete Orchestre.
W 1715 roku Mattheson został director musicus w katedrze miejskiej. Miejsce to utrzymał do roku 1728, gdy jego słuch uległ pogorszeniu.
W latach 1722–1725 Mattheson wydawał pierwsze niemieckie czasopismo muzyczne Critica musica. Podobnie jak późniejsze czasopisma wydawane sporadycznie do połowy XVIII w., wypełniały go komentarze jednej osoby - tj.