Od 892 biskup Halberstadt posiadał wszystkie prawa świeckie zaś od 1052 władał obszarem sięgającym na zachodzie niemal po Brunszwik, a na wschodzie ujścia Soławy do Łaby.
Tereny dawnych Sasów były nękane konfliktami – wpierw powstanie saskie – bunt miejscowych notabli przeciwko królom z dynastii Salickiej, następnie walka między Sztaufami a Welfami. Henryk Lew zniszczył drugą istniejącą tutaj katedrę ottońską i miasto. Już w 1000 roku istniało podgrodzie zajmujące teren obecnego Rynku Rybnego (Fischmarkt). Następnie powstawały podgrodzia na południu aż do dzisiejszych ulic Straße der Opfer des Faschismus i Walter-Rathenau-Straße, zaś w XII wieku Dolne Miasto, na północ od katedry aż po rzekę Holtemme. W 1236 roku rozpoczęto budowę obecnej katedry (zakończoną dopiero w 1491). Od 1397 miasto należało do Hanzy.
W dobie reformacji w 1591 mianowany został pierwszy luterański biskup Halberstadt. O wyborze biskupa decydowała odtąd założona przez Heinricha Juliusa kapituła złożona zarówno z duchownych katolickich, jak i protestanckich. Od zajęcia przez wojska Wallensteina katedrę przejęło ponownie duchowieństwo katolickie. Po zakończeniu wojny trzydziestoletniej Halberstadt został wcielony w skład księstwa Brandenburgia-Prusy