Stopniowo rezygnował z techniki olejnej i coraz częściej posługiwał się pastelami i akwarelą, a także kredą i tuszemSekuła-Tauer E., Malarz kwiatów i martwych natur, w: Od pomysłu do dzieła. Leon Wyczółkowski, Bydgoszcz 2015, s. 65.. Wykorzystywał pewne rozwiązania impresjonizmu, malując pejzaże i sceny rodzajowe z silnymi efektami świetlnymi (Rybacy brodzący). Malował pełne światła, nastrojowe pejzaże, drzewa, zabytki architektoniczne miast polskich i pamiątki historyczne (cykl Skarbiec wawelski), martwe natury i kwiaty. Powstały liczne autoportrety artysty i portrety wybitnych postaci, m.in. prof. Ludwika Rydygiera z asystentami, Stanisława Witkiewicza, Jana Kasprowicza, Karola Estreichera, Erazma Barącza, Józefa Chełmońskiego, Juliusza Kossaka, Konstantego LaszczkiTwarowska M., Leon Wyczółkowski, Warszawa 1962, s. 23-25.. U schyłku XIX wieku stał się obok Juliana Fałata, Jacka Malczewskiego i Jana Stanisławskiego jednym z najpopularniejszych malarzy krakowskich.