W listopadzie 1939 na rozkaz Hitlera kilkanaście wiosek w północnej części Spisza i Orawy zostało włączonych w skład Słowacji.
Był współodpowiedzialny za wywózkę słowackich Żydów do obozów koncentracyjnych, a nawet płacił rządowi niemieckiemu za „pomoc w rozwiązywaniu tego problemu” – o ile w 1939 na terenie Słowacji mieszkało ok. 90 tysięcy Żydów, to już w 1945 było ich niewiele ponad 30 tysięcy (zob. Deportacje Żydów ze Słowacji). Głosił poglądy antysemickie, twierdził, że Żydzi są „odwiecznym wrogiem narodu słowackiego“.
W 1943 został odznaczony Krzyżem Wielkim Orderu Zasługi Orła Niemieckiego w Złocie.
W sierpniu 1944 na Słowacji wybuchło powstanie narodowe. Po przejściu części wojska na stronę powstańców, ks. Tiso, zdając sobie sprawę, że jego siły nie zdołają stłumić powstania, zdecydował się zdemobilizować armię Republiki i poprosić Niemców o pomoc w zaprowadzeniu „porządku” w kraju. W konsekwencji na terytorium Słowacji wkroczyły Wehrmacht i SS, bezwzględnie tłumiąc powstanie. Zniszczono kilkadziesiąt miast i wsi, zamordowano tysiące ludzi. , jednak Niemcy dość łagodnie potraktowali jeńców – zostali oni wysłani na prace przymusowe lub zwolnieni do domów.