30 października w zdobytej przez hitlerowców powstańczej stolicy Bańskiej Bystrzycy, z okazji zdławienia Słowackiego Powstania Narodowego Tiso odprawił mszę dziękczynną, podczas której grał na organach, a powstańców nazwał „bandami komunistów i bolszewików”Wprost, Wydania 1–13, str. 44 Agencja Wydawniczo-Reklamova „Wprost”. We mszy uczestniczył dowodzący likwidacją powstania Sturmbannführer Hermann Höfle. Ksiądz Tiso udekorował go najwyższym słowackim odznaczeniem. Obrońcy słowackiego prezydenta dowodzą, że taka reakcja była polityczną ceną za umiarkowane potraktowanie większości wziętych do niewoli powstańców.
Okres powojenny i próba oceny 15 kwietnia 1947 Jozef Tiso został skazany przez sąd czechosłowacki na karę śmierci za zdradę i udział w zbrodniach wojennych. Prezydent Czechosłowacji Edvard Beneš nie skorzystał z prawa łaski i Tiso został stracony. Pochowano go w nieoznakowanym grobie aby uniknąć pielgrzymek do jego grobu, w 2007 roku odsłonięto nowy nagrobek na Martinským cintorínie w Bratysławie, a w 2008 roku przeniesiono jego szczątki do katedry Świętego Emmerama w Nitrze.