Ponadto dzięki temu, że amplifikacja kwasów nukleinowych i detekcja produktu odbywa się w jednym zamkniętym naczyniu, ryzyko zanieczyszczenia badanej próby jest minimalne.
Ogólne zasady działania Główną różnicą między konwencjonalnym a ilościowym PCR jest możliwość oceny ilości powstającego produktu reakcji w trakcie jej trwania. Monitorowanie przyrostu liczby kopii badanej sekwencji w czasie rzeczywistym możliwe jest dzięki znakowaniu starterów, sond oligonukleotydowych lub produktów amplifikacji cząsteczkami zdolnymi do fluorescencji (fluoroforami). Używane metody znakowania wykazują odmienny poziom fluorescencji w połączeniu z badanym fragmentem DNA lub po prostu z fragmentami dwuniciowymi, dzięki czemu fluorescencja każdej próbki jest proporcjonalna do ilości zsyntetyzowanego produktu (im silniejsza fluorescencja, tym większa liczba kopii). Mierząc fluorescencję próbek po każdym cyklu reakcji można monitorować jej przebieg.