W efekcie jest to najmniej poznany ze wszystkich gatunków nosorożców.
Genetyka Większość nosorożcowatych cechuje się diploidalną liczbą chromosomów 82, także nosorożec indyjski i jawajski. Tylko nosorożec czarny ma 84. Jest to prawie największa liczba chromosomów wśród ssaków, jedynie pewne gatunki gryzoni mają ich więcej w genomie.
Taksonomia i nazwa mały|lewo|Szkielet "jednorogiego nosorożca z Jawy", ilustracja z Recherches sur les ossemens fossiles Cuviera, 1836 mały|lewo|Rhinoceros sondaicus inermis, samica przewieziona do Londynu w 1877, zdechła po mniej niż pół roku. mały|lewo|R. s. annamiticus, głowa samca z Półwyspu Malajskiego z Raffles Museum w Singapurze. 1931. Pierwsze badania poświęcone nosorożcom jawajskim przeprowadzone przez przyrodników miały miejsce w 1787, gdy dwa zwierzęta schwytano na Jawie. Czaszki wysłano do znanego holenderskiego przyrodnika Petrusa Campera, który zmarł dwa lata później, zanim zdążył opublikować swe odkrycie, zgodnie z którym nosorożce z Jawy stanowiły oddzielny gatunek. Kolejne osobniki złapał na Sumatrze Alfred Duvaucel, który wysłał je swemu ojczymowi, sławnemu francuskiemu naukowcowi Georges'owi Cuvierowi. Ten, w 1822 roku, rozpoznał w nich nowy gatunek. W tym samym roku Anselme Gaëtan Desmarest opisał je jako Rhinoceros sondaicus.