Był to ostatni zidentyfikowany gatunek nosorożca. Desmarest początkowo stwierdził, że zwierzęta pochodzą z Sumatry, później jednak przypisał znalezisko Jawie.
Nazwa rodzajowa Rhinoceros, używana także w przypadku nosorożca indyjskiego, pochodzi ze starożytnej greki, a dokładniej od słów rhino oznaczającego "nos" i ceros znaczącego "róg". Epitet gatunkowy sondaicus odnosi się do biogeograficznego regionu sundajskiego obejmującego wyspy Sumatrę, Jawę, Borneo i wiele otaczających je mniejszych wysepek. Polska nazwa odnosi się do wyspy Jawy, podobnie angielska. W tym języku funkcjonuje także inna nazwa "Lesser One-Horned Rhinoceros" (mniejszy jednorogi nosorożec, dla odróżnienia od większego – nosorożca indyjskiego).
Wyróżnia się 3 odrębne podgatunki, z których jedynie 2 dotrwały do chwili obecnej: Rhinoceros sondaicus sondaicus, podgatunek typowy, określany jako indonezyjski. Zamieszkiwał w przeszłości Jawę i Sumatrę. Obecnie ogranicza się do 40-50 osobników w Parku Narodowym Ujung Kulon na zachodnim krańcu Jawy. Jeden z badaczy zasugerował, by nosorożce zamieszkujące niegdyś Sumatrę umieścić w osobnym podgatunku R. s. floweri, pomysł nie uzyskał jednak akceptacji ogółu specjalistów. Rhinoceros sondaicus annamiticus, określany jako wietnamski. Zamieszkiwał w przeszłości Wietnam, Kambodżę, Laos, Tajlandię i Malezję.