Stefana Biskupskiego zastąpił biskup Tomasz Wilczyński, który sprowadził w czerwcu 1957 Borkowskiego z powrotem do Olsztyna, mianując go referentem ds. nauczania w Kurii Biskupiej. W sierpniu 1961 Borkowski został notariuszem kurii.
Latem 1961 po raz pierwszy podjęto próbę mianowania ks. Borkowskiego na proboszcza olsztyńskiej parafii katedralnej. Dotychczasowy proboszcz Stanisław Chrzanowski, kanonik rzeczywisty kapituły warmińskiej, zmarł nagle w Sopocie 27 czerwca 1961. Zgodnie z przepisami kuria zgłosiła zamiar nominacji ks. Borkowskiego władzom państwowym; sprzeciw zgłosił Wydział ds. Wyznań przy Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Olsztynie, co skutecznie zablokowało nominację. Na czele parafii stanął przeszło 70-letni ks. Antoni Jagłowski, dawny ojciec duchowny olsztyńskiego seminarium, a ks. Borkowskiemu, zgodnie z częstą praktyką w przypadkach zablokowanych nominacji, ponownie powierzono obowiązki wikariusza przy katedrze. W sierpniu 1962 Borkowski został kanonikiem rzeczywistym kapituły warmińskiej, zajmując miejsce zmarłego Józefa Łapota. W marcu 1968 wszedł w skład Diecezjalnej Komisji Liturgicznej.