Proboszcz katedry olsztyńskiej W 1969 ks. Antoni Jagłowski ukończył 78 lat i w sierpniu tegoż roku przeszedł na emeryturę. Biskup Józef Drzazga ponownie zgłosił kandydaturę ks. Borkowskiego na stanowisko proboszcza (w uzasadnieniu biskup podkreślał, że Borkowski jest kanonikiem, co miało szczególne znaczenie przy obsadzie prestiżowej katedralnej parafii) i ponownie została ona odrzucona przez władze na szczeblu wojewódzkim. Kandydat znany był z bezkompromisowej postawy wobec władz, a trzy lata wcześniej był zatrzymany przez milicję w trakcie transportu kopii obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej z Jasnej Góry na uroczystości milenijne do Fromborka. Tym razem jednak decyzja lokalna została uchylona przez władze w Warszawie po odwołaniu biskupa Drzazgi i Borkowski objął parafię. Pozostał na jej czele przez 28 lat (przeszedł na emeryturę w czerwcu 1997), był jednym z najdłużej pełniących funkcję proboszczów przy katedrze olsztyńskiej - po kanoniku Augustynie Karau, którego 32-letnie zwierzchnictwo przypadło na lata 1865-1897. Wraz z nominacją na proboszcza ks. Borkowski objął funkcję dziekana dekanatu Olsztyn-Południe, zakończył natomiast pracę w kurii na stanowisku referenta ds. nauczania.