Jezusa Mistrza Apostołów, pokoje kleryckie i mieszkania profesorów.
Do 1998 roku zajęcia w seminarium odbywały się w ramach Papieskiego Wydziału Teologicznego. Kiedy został on włączony do Wydziału Teologicznego UAM, Gniezno stało się sekcją zamiejscową tego wydziału. 16 listopada 2002 roku obchodzono 400-lecie istnienia seminarium w Gnieźnie. Wraz z rokiem akademickim 2016/2017 powołano do istnienia Centrum Edukacyjno-Formacyjne w nowym gmachu seminarium, natomiast całość pomieszczeń seminaryjnych przeniesiono do starego gmachu, po jego gruntownym wyremontowaniu.
Z dniem 2 lutego 2018 roku Prymas Polski zdecydował o rozszerzeniu formacji w seminarium o rok propedeutyczny, w myśl dokumentu Konferencji Episkopatu Polski z 2017 roku. Rok propedeutyczny rozpoczął funkcjonowanie wraz z rokiem akademickim 2019/2020, a alumni odbywają ten rok formacji w dawnym klasztorze oblatów w Markowicach.
30 kwietnia 2023 Prymas Polski abp Wojciech Polak ogłosił zawieszenie działalności Wyższego Seminarium Duchownego w Gnieźnie od roku akademickiego 2023/24 i przeniesienie kształcenia kleryków do Poznania. thumb|Stary Gmach PWSD (1938) thumb|Budowa Nowego Gmachu PWSD (1983) thumb|Widok na seminarium ze Wzgórza Lecha (2007)