Od 1948 roku powrócono do przedwojennego modelu studiów filozoficznych w Gnieźnie i teologicznych w Poznaniu. W 1949 decyzją arcybiskupa Stefana Wyszyńskiego otwarte zostało w Gnieźnie Niższe Seminarium Duchowne, które mieściło się w konwikcie arcybiskupim, znajdującym się w pobliżu gmachu seminarium. Od 1953 roku rozdzielono seminaria gnieźnieńskie i poznańskie, obie diecezje uzyskały wtedy własne seminaria z pełnym cyklem formacji i studiów sześcioletnich. 7 września 1974 roku kardynał Wyszyński przekazał na własność seminarium kolegiacki kościół św. Jerzego na Zamku Gnieźnieńskim. W dniach 3–4 czerwca 1979 roku papież Jan Paweł II odwiedzając Gniezno, spotkał się także z profesorami i klerykami seminarium duchownego. W tym samym roku prymas Wyszyński wydał zgodę na budowę drugiego gmachu, mającego polepszyć warunki mieszkaniowe kleryków (dotychczasowy docelowo miał mieścić 120 kleryków, a ich liczba w latach 70. XX wieku sięgała 200). Kamień węgielny wmurowano 15 listopada 1982 roku, czego dokonał kardynał Józef Glemp oraz ówczesny rektor Bogdan Wojtuś, później emerytowany biskup pomocniczy archidiecezji gnieźnieńskiej. Budowę zakończono w 1990 roku. W nowym gmachu znalazły się m.in.: aula, sale wykładowe, kaplica pw.