W okresie zaborów instytucja prowadziła działalność wydawniczą. W latach 1905–1906 we współpracy z polską organizacją edukacyjną Macierz Polska wydała we Lwowie, Krakowie oraz Warszawie dwie edycje czterotomowej polskiej encyklopedii ogólnej pt. Encyklopedia podręczna ilustrowana. Z inicjatywy PAU w latach 1905–1923 wydano również 25-tomową Encyklopedię polską redagowaną przez członków oraz współpracowników tej organizacji.
Działalność naukową i w zakresie upowszechniania wiedzy PAU finansowała po części z dotacji państwowych, a po części z darowizn. Poza licznymi okazjonalnymi darowiznami zasadnicze znaczenie dla funkcjonowania PAU miały zapisy dużych nieruchomości rolno-leśnych: Pawła Tyszkowskiego w 1920 r. (6 778 ha), Władysława Józefa Fedorowicza w 1922 r. (1492 ha)Miliardowy zapis dla Polskiej Akademii Umiejętności Nowości Illustrowane 1922 nr 38 s. 10 i arcyksięcia Karola Stefana Habsburga w 1924 r. (10 500 ha). Wśród tych ostatnich był m.in. doskonale prosperujący folwark w Lipowej koło Żywca (512,21 ha roli i 0,23 ha stawów rybnych) oraz wielkie gospodarstwo leśne w Zawoi, z którego w 1933 r. PAU wydzieliła obszar 642,22 ha na północnych stokach Babiej Góry, na których utworzony został „Rezerwat” – zaczątek dzisiejszego Babiogórskiego Parku Narodowego.