Współczesna działalność Obecnie PAU składa się – jak wyżej wymieniono – z 6 Wydziałów, każdym kieruje Zarząd, złożony z dyrektora, jego zastępcy, sekretarza i niekiedy zastępcy tegoż. Przy Wydziałach tworzone są Komisje i Komitety, te ostatnie stałe lub czasowe, z reguły pod kierunkiem członków PAU (z paroma wyjątkami), w których skład mogą wchodzić osoby niebędące członkami PAU. Wydziały odbywają comiesięczne posiedzenia naukowe, na których wygłaszane są referaty połączone z dyskusją. Działalność PAU jest omawiana i dokumentowana w „Roczniku PAU”. Wydziały mają swoje „Rozprawy” lub inne serie wydawnicze, w których publikuje się opracowania i inne ważne dla nauki teksty leżące w ich profilu naukowym, w szczególności źródła historyczne. Komisje dysponują własnymi seriami „Prac” lub – zgodnymi z ich specjalnością – czasopismami. Według stanu z końca 2009 PAU liczy 476 członków, w tym 146 czynnych, 148 korespondentów i 182 zagranicznych, z których każdy utrzymuje żywe kontakty z nauką polską.