Genoa Pierwszym europejskim klubem była włoska Genoa CFC do której przeszedł za 2 mln euro. 22 maja 2004 strzelił hat tricka w starciu z Cagliari Calcio. 25 września 2004 zdobył dwie bramki w meczu z Salernitaną. 11 czerwca 2005 dwukrotnie trafił do bramki w meczu z FBC Unione Wenecja. Dzięki 21 bramkom strzelonym w sezonie 2004/05 zajął 2. miejsce w klasyfikacji króla strzelców Serie B za Gionathą Spinesim. W zespole tym grał w latach 2004–2005. Rozegrał w nim 59 spotkań i strzelił 33 gole. We Włoszech stał się wysuniętym napastnikiem.
Saragossa W lipcu 2005 r. za 2 mln euro odszedł na wypożyczenie z Genui, gdyż klub ten został karnie zdegradowany do Serie C1 za ustawianie meczów. Debiut El Principe dla Blanquillos przypadł na ligowe starcie z Valencią 11 września 2005 r. Pierwszy gol Milito strzelił Osasunie 21 września. 15 stycznia 2006 trafił dwie bramki w spotkaniu z RCD Mallorca. 5 lutego ponownie dwukrotnie trafił do bramki, tym razem Betisu. Przez dwa lata występował w Saragossie razem z bratem – Gabrielem Milito, lecz ten przeniósł się w 2007 roku do Barcelony. W półfinale Pucharu Króla 8 lutego 2006 r. strzelił 4 bramki Realowi Madryt (6:1). W listopadzie 2006 r. Saragossa podjęła decyzję o wykupieniu Milito z Genoy za dalsze 5 mln euro. Po odejściu brata został nawet kapitanem zespołu.