9 czerwca 2007 zdobył dwie bramki w meczu z Realem. Poza tym dublety ustrzelił w starciach z: Sociedadem (15 października 2006), Betisem (21 października 2006), Mallorcą (13 stycznia 2008), Murcją (20 stycznia 2008). Sezon 2006/07 zakończył z 22 ligowymi bramkami, co było drugim osiągnięciem w lidze, a także dało 3. miejsce w rywalizacji o Złotego Buta. W sierpniu 2007 przedłużył o cztery lata kontrakt z klubem. Łącznie przez 3 sezony zagrał w 108 spotkaniach i strzelił 51 gole dla Saragossy.
Powrót do Genui Latem 2008 roku mimo wielu ofert z mocnych i uznanych klubów Diego Milito powrócił do Genoi, aby wspomóc swoją dawną drużynę w walce w Serie A. Genoa wyłożyła na transfer Argentyńczyka 12 mln euro. Milito przybył ze spadającej do Segunda División Saragossy do Genoy odrzucając kilka lukratywnych ofert. 14 września 2008 r. zagrał ponownie w barwach Il Griffone w meczu z AC Milan, w którym zaliczył asystę i bramkę. 9 listopada 2008 r. strzelił hat tricka w spotkaniu z Regginą. 3 maja 2009 r. jako jedyny gracz w historii derbów Genui strzelił w nich 3 bramkiPilkanozna, nr 16, s. 30.. Dwukrotnie pokonywał bramkarzy: AS Roma (24 września), Torino FC (24 maja) i US Lecce (31 maja). Sezon zakończył z dorobkiem 24 trafień, co dało mu drugie miejsce w walce o koronę króla strzelców za Zlatanem Ibrahimoviciem.