Ogółem dla Rossoblu zdobył 60 goli w 94 meczach ligowych.
Inter mały|lewo|Diego Milito w barwach Interu (2009) Od sezonu 2009/2010 Milito jest graczem Interu Mediolan, do którego przeniósł się wraz ze swoim klubowym kolegą z Genoi – Thiago Mottą po długich i żmudnych negocjacjach. Nerazzurri zapłacili za niego ok. 25 mln euro (Inter oddał Genoi Roberta Aquafresce, Riccardo Meggioriniego, Leonardo Bonucciego, Francesco Bolzoniego, Ivana Faticia oraz dołożył resztę gotówki). Podpisany 29 czerwca kontrakt związał go z Interem do czerwca 2013 i pozwalał mu na zarobki w kwocie 3,5 mln euro rocznie. Transfer ten został uznany przez Goal.com za najlepszy w 2009 r. w Serie A. Debiut Argentyńczyka miał miejsce w meczu o Superpuchar Włoch z S.S. Lazio rozegranym 8 sierpnia 2009 r. Pierwszy mecz w Serie A w barwach Nerazzurrich miał miejsce 23 sierpnia z SSC Bari (1:1). W Interze Milito stworzył doskonały duet ze Sneijderem. Dla „The Special One” Argentyńczyk był postacią pierwszoplanową. By „Il Principe” mógł grać na szpicy, Mourinho był gotów przemianować Samuela Eto’o na skrzydłowego. 29 sierpnia w derbach Mediolanu wygranych przez Inter 4:0 zaliczył dwie asysty oraz zdobył gola z rzutu karnego, który był dla niego pierwszym w barwach Nerazzurrich. 20 września 2009 dwukrotnie zdobył bramkę w starciu z Cagliari Calcio.