Szkoła przerwała działalność po wybuchu powstania warszawskiego.
Po odzyskaniu niepodległości, na polecenie władz szkolnych, Liceum Hoffmanowej na nowo zorganizowała jedna z jego nauczycielek, dr fizyki Agnieszka Podjed, która kierowała szkołą do 1960. Dawna siedziba szkoły przy ul. Marszałkowskiej została zniszczona w czasie walk, w związku z tym gimnazjum umieszczono w gmachu przy ul. Polnej 46a. Stąd w 1961 zostało przeniesione do nowej siedziby przy ul. Emilii Plater 29, wzniesionej na terenie dawnego Ogrodu Pomologicznego. Modernistyczny zespół budynków został zaprojektowany przez Jerzego Baumillera i Jana Zdanowicza. W tym samym roku szkoła stała się liceum koedukacyjnym.
Od września 2013 roku, IX Liceum Ogólnokształcące wraz z Gimnazjum nr 43 stanowiło Zespół Szkół nr 125, z siedzibą w przedwojennym budynku przy ulicy Hożej 88.