W pierwszym roku grał w 5 meczach w barwach piłkarskiej drużyny szkoły średniej strzelając aż 15 goli i dając awans jego drużynie do finału stanowego (przegrali w karnych 2:3). Następnie zamieszkał z ojcem oraz macochą w Orlando. Sebastian zaczął grać w juniorskiej drużynie piłkarskiej Orlando Lions (U-19), miał wtedy 18 lat. Drużyna juniorów była trenowana przez Angelo Rossiego (skouta z Seabreeze High School w Daytona Beach), który namawiał Sebastiana oraz ojca do przeniesienia się do Daytona Beach. Jego ojciec nie zgodził się na to, ale pomimo to Sebastian upierał się i przeprowadził się do rodziny Rossiego.
Kariera w szkole średniej Umiejętność silnego strzału nabyta przy uprawianiu piłki nożnej spowodowała, że w ostatniej klasie szkoły średniej (Seabreeze High School w Daytona Beach na Florydzie) został namówiony do spróbowania sił w futbolu amerykańskim na pozycji kopacza.
Nieposiadający niemal żadnego futbolowego doświadczenia, Janikowski wzbudził sensację już w drugim meczu sezonu przeciwko Spruce Creek (13 września 1996, wygrana 34-3) trafiając z 53 jardów i ustanawiając nowy rekord szkoły.