W 1553 wyruszył z poselstwem do Moskwy w sprawie wynegocjowania rozejmu, który ostatecznie zawarto na 2 lata. W styczniu 1563 wojska Iwana IV Groźnego zaczęły zbliżać się do Połocka. Dowojno stanął na czele obrony Połocka, jednak z uwagi na dysproporcje sił, nie mógł stawiać długiego oporu. Po szturmie wojsk Iwana IV i wznieconym przez nie pożarze w nocy z 14 na 15 lutego 1563 twierdza skapitulowała, a wojewoda Dowojno wraz z żoną Petronellą, władyką Arseniuszem oraz rycerstwem (w tym ze swym krewnym podwojewodzim połockim Mikołajem Niemirowiczem-Szczyttem, synem MikołajaT. Jaszczołt, Ród Niemiry z Wsielubia – Niemirowiczowie i Szczytowie herbu Jastrzębiec do połowy XVI wieku, [w:] Unia w Horodle na tle stosunków polsko-litewskich, S.Górzynski (red.), Wydawnictwo DiG, Warszawa 2015, s. 242-245) dostali się do wieloletniej niewoli cara Iwana IV Grożnego i zostali odesłani do Moskwy.
Dowojno był przetrzymywany w Moskwie do 1567. Po powrocie z niewoli wycofał się z aktywnego udziału w życiu politycznym, choć nadal sprawował urząd wojewody połockiego, uczestniczył w sejmie lubelskim 1569 i elekcji Henryka III Walezego na króla Polski w 1573Świętosława Orzelskiego bezkrólewia ksiąg ośmioro 1572-1576, Kraków 1917, s. 149.