Niedługo po potwierdzeniu elekcji Henryka III Stanisław Dowojno zmarł.
Małżeństwa Stanisław Dowojno był trzykrotnie żonaty: I v. z Petronelą Radziwiłłówną (zm. 1564), córką Jana Radziwiłła, podczaszego litewskiego, starosty żmudzkiego, i Anny z Kostewiczów – córki wojewody podlaskiego i witebskiego Janusza Kostewicza i Marianny z Uhrowskich. Petronela zmarła w niewoli moskiewskiej. Dowojno starał się sprowadzić zwłoki żony z Moskwy w zamian za wydanie zwłok kniazia Piotra Szujskiego, jednak wobec oporu Radziwiłłów zamiar ten nie powiódł się. W 1547 Stanisław Dowojno wraz z żoną Petronelą nadał Goniądzowi prawa miejskie chełmińskie. II v. z Dorotą Kostewiczówną (zm. 1571), wdową po Jarosławie ks. Hołowczyńskim, córką starosty kobryńskiego Wacława Kostewicza i Anny z Iliniczów – córki Mikołaja Ilinicza i Elżbiety z Niemirowiczów-Szczyttów III v. z Barbarą ks. Sołomerecką, wdową po Konstantym Chodkiewiczu (synu Jerzego), córką kasztelana mścisławskiego kniazia Iwana Sołomereckiego i Anny z Hlebowiczów – córki wojewody Jana Hlebowicza i Zofii z Pietkowiczów I v. za Janem Niemirowiczem Szczyttem. Stanisław Dowojno nie pozostawił po sobie potomstwaT, Jaszczołt, Ród Niemiry..., op.cit., s.