Zimą 2002 Väyrynen przeszedł do holenderskiego SC Heerenveen. Miał także propozycję z Interu Mediolan, jednak zdecydował się na drużynę z Eredivisie, gdyż stwierdził, że tam będzie miał większe szanse na grę w pierwszej jedenastce. W Heerenveen od razu wskoczył do pierwszego składu i stał się jednym z czołowych jego zawodników. W rundzie wiosennej rozegrał 17 meczów i ze swoim klubem zajął wysokie 4. miejsce. Część sezonu 2002/2003 stracił z powodu kontuzji i zagrał tylko w 22 meczach (strzelił 4 gole, z Heerenveen zajął 7. miejsce). Za to w sezonie 2003/2004 znów był jednym z najlepszych zawodników zespołu i zdobył dla niego 5 goli w lidze, a Heerenveen podobnie jak 2 lata wcześniej znów zajęło 4. pozycję. Rok później Mika był jeszcze skuteczniejszy i strzelił 8 goli dla 5. zespołu Eredivisie. Łącznie w barwach klubu z Heerenveen Väyrynen zdobył 17 goli w 101 meczach oraz w 2 sezonach wystąpił z nim w Pucharze UEFA, jednak bez większych sukcesów.