W 1904 papież Pius X zlecił profesorowi prawa kanonicznego Instytutu Katolickiego w Paryżu kardynałowi Pietro Gasparriemu kierownictwo komisji mającej opracować nowy Kodeks prawa kanonicznego. Dzięki jednemu z członków tej komisji, profesorowi prawa kanonicznego ks. Bastienowi, Justynian Szapucsek został przydzielony do prac korekcyjnych nad prawem kanonicznym. Dziełem Justyniana Szapucska jest dziewięciotomowe Codicis Juris Canonici Fontes – zbiór źródeł nowego prawa kanonicznego. Za zasługi w kodyfikacji prawa kanonicznego uniwersytet w Oksfordzie w 1936 nadał mu tytuł doktora honoris causa. Podczas prac badawczych w bibliotekach i archiwach Serédi nawiązał przyjacielskie stosunki z kardynałem Achille Rattim, późniejszym papieżem Piusem XI.
W lipcu 1908 w Pannonhalma Justynian Szapucsek otrzymał święcenia kapłańskie z rąk benedyktyńskiego sufragana ostrzyhomskiego Medárda Kohla. W 1918 ks. Szapucsek został kapelanem wojskowym w Ostrzyhomiu. Po zakończeniu I wojny światowej wrócił do Rzymu, gdzie na posiedzeniach kongregacji benedyktynów reprezentował węgierską gałąź zakonu. Jednocześnie był radcą poselstwa Królestwa Węgier przy Stolicy Apostolskiej, a następnie Chargé d’affaires poselstwa.