Wielka Brytania zaatakowała ponownie w 1864 i po 5-miesięcznej walce, w 1865 podpisano pokój, na mocy którego Bhutan został zmuszony do zrzeczenia się części terytorium na południu, otrzymując jednak w zamian coroczną rekompensatę.

17 grudnia 1907 zgromadzenie reprezentantów mnichów buddyjskich, urzędników i ludności wybrało pierwszego dziedzicznego króla, którym został popierany przez Brytyjczyków Ugjen Łangczuk, kończąc tym samym system dwuwładzy. W 1910 król podpisał układ z Wielką Brytanią, w którym zgodził się na objęcie kraju brytyjskim protektoratem w zamian za podwojenie rekompensaty. Po odzyskaniu niepodległości przez Indie w 1947, w 1949 został podpisany bhutańsko-indyjski traktat o przyjaźni, na mocy którego zaanektowane przez Brytyjczyków bhutańskie prowincje zostały zwrócone, a Indie zobowiązały się prowadzić politykę obronną i zagraniczną oraz pomagać mu gospodarczo. Trzeci bhutański król, panujący od 1953 Jigme Dorji Wangchuck otworzył kraj na świat i doprowadził do przyjęcia w 1971 do ONZ. 10 lutego 1971 roku na podstawie Rezolucji Rady Bezpieczeństwa ONZ nr 292 Bhutan został członkiem ONZ.