W latach 1990–1991 wybuch niezadowolenia mniejszości nepalskiej zagroził stabilności kraju. Podczas zamieszek w Thimphu zginęło kilkaset osób, a znaczna część Nepalczyków została zmuszona do opuszczenia kraju. W XXI wieku powstała zbrojna partyzantka nepalska skupiona wokół Bhutańskiej Partii Komunistycznej (Marksistowsko-Leninowsko-Maoistowskiej) i jej zbrojnego ramienia Tygrysów Bhutanu.
Bhutan w ciągu dekady przeszedł głęboką, zasadniczo pokojową transformację ustrojową – od bezpośrednich rządów monarchy do monarchii konstytucyjnej. W czerwcu 1998 roku zrezygnowano z systemu, w którym król sprawował władzę wykonawczą, zastępując go gabinetem ministrów. W 2005 roku udostępniono społeczeństwu projekt nowej konstytucji, a po zakończeniu konsultacji społecznych 18 lipca 2008 roku dokument został oficjalnie przyjęty. Podpisał go 27-letni król Bhutanu Jigme Khesar Namgyel Wangchuck. Tego samego dnia dokument przyjął parlamentWirtualna Polska: 27-letni król podpisał pierwszą konstytucję Bhutanu..