Podczas wojny prowadził politykę kolaboracji z okupantem, nie wciągając jednak kraju bezpośrednio do działań wojennych. Po inwazji aliantów w Normandii zgłosił w sierpniu 1944 wysłannikowi generała Charles’a de Gaulle’a, przywódcy Wolnych Francuzów, gotowość przekazania władzy. Został przez Niemców internowany, wywieziony do Niemiec i osadzony w zamku Sigmaringen w Badenii-Wirtembergii. Odmówił wykonywania obowiązków głowy państwa, pozostając w areszcie domowym.
Proces i pobyt w więzieniu (1945–1951) W kwietniu 1945 powrócił dobrowolnie ze Szwajcarii do Francji, gdzie oddał się w ręce nowych władz francuskich. Proces przed paryskim Sądem Najwyższym rozpoczął się 23 lipca 1945. W skład sądu wchodzili francuscy parlamentarzyści, którzy 5 lat wcześniej przekazali władzę w jego ręce oraz sędziowie i uczestnicy ruchu oporu. Przed procesem został zdegradowany. Rozprawie przewodniczył Paul Mongibeaux. Postawione zarzuty to: zaakceptowanie porażki militarnej w 1940, przekroczenie uprawnień przyznanych przez Zgromadzenie Narodowe, polityka kolaboracji z III Rzeszą, dostarczanie siły roboczej i surowców dla przemysłu wojennego Niemiec (akt oskarżenia nie wspominał o odpowiedzialności za wywiezienie z Francji do obozów koncentracyjnych ponad 75 tys. Żydów). Prokurator Mornet nie wahał się używać określenia „zdrada narodowa”.