drugie wydanie opublikowane jako Prolegomena zur Geschichte Israels, 1883) „dostarczyły ostatecznego przełomu w krytyce Pięcioksięgu zapoczątkowanej przez Edwarda Reussa, Karla Heinricha Graffa, Abrahama Kuenena i Wilhelma Vatke. Tym postępem w badaniach Wellhausen stworzył także podstawę dla współczesnego ujęcia historii starożytnego Izraela, które sam następnie przedstawił w swoim dziele Israelitische und jüdische Geschichte (1894)”. Wellhausen jako pierwszy spożytkował pogląd, zgodnie z którym „prawo” (tora), które dominuje w Pięcioksięgu jaki znamy, nie reprezentuje najwcześniejszego składnika tego zbioru, ale raczej jego ostateczny (powygnaniowy) etap kompozycji. Uznał także że pozostałe historyczne źródła Pięcioksięgu (Jahwista, Elohista i Źródło Deuteronomiczne) są starsze niż to tzw. Źródło Kapłańskie. Ta teoria źródeł była także podstawą poglądów Wellhausena na ewolucję religii Izraela, przy czym w jego ujęciu można odnaleźć pewien wpływ Hegla. Wellhausen uważał za najstarsze źródła elohistyczne i jahwistyczne, które zostały w pewnym momencie połączone w jednej redakcji. Wspólnie reprezentowały one najstarsze, naturalne, autentyczne, spontaniczne stadium religii Izraela. Źródło deuteronomiczne, datowane przez niego na czasy Jozjasza (zm. 609 p.n.e.), miało wyrażać religię etycznego monoteizmu.