W 1801 do towarzystwa dołączyli nowi członkowie: ks. Stanisław Jundziłł, profesor botaniki w uniwersytecie wileńskim, ks. Kajetan Kamieński, rektor konwiktu oo. Pijarów, Marcin Molski, Ludwik Osiński, Aleksander Potocki, ks. Adam Prażmowski, administrator biskupstwa warszawskiego, Jędrzej Śniadecki, prof. Uniwersytetu Wileńskiego, Józef Kalasanty Szaniawski.
Organizacja Towarzystwo zostało zorganizowane w 5 wydziałów, które statutowo gromadziły łącznie nie więcej niż 60 członków czynnych oraz nieokreśloną liczbę członków przybranych, honorowych, dopuszczonych i korespondentów. Były to kolejno: Wydział filozofii Wydział matematyki, fizyki, chemii, nauk lekarskich, historii naturalnej i ekonomiki Wydział historii, dziejów praw i geografii Wydział wymowy, wierszopistwa i przyjemnych sztuk Wydział języków rodu słowiańskiego
Drugą siedzibą Towarzystwa Warszawskiego Przyjaciół Nauk była kamienica przy ul. Kanonia nr 8 (nr hip. 85, 86, 87) s. 34–35., podarowana na cele Towarzystwa przez Albertrandiego.