Transept ma układ halowy, składa się z dwóch naw; architektura ramion transeptu jest odmienna od reszty kościoła, za sprawą sieciowych sklepień; pozostałe części świątyni nakryte są sklepieniem gwiaździstym (sześcioramiennym w nawie głównej i prezbiterium, czteroramiennym w nawach bocznych). Sklepienia wspierają ośmioboczne w planie filary międzynawowe, które na wysokości ścian nawy głównej są częściowo wtopione w lico i tworzą ostrołukowe arkady. Strefa okien umieszczona jest wysoko ponad gzymsem; ponad którym ściany poszczególnych przęseł, przybierają ostrołukową formę. Częściowo zachowały się ceramiczne wsporniki sklepienne o motywach antropomorficznych (główki, popiersia, figurki atlantów) i zoomorficznych.
Na zewnątrz ściany są oszkarpowane, zachowały częściowo dekorację zendrówkową. Ściany wieńczą fryzy arkadkowe i fryzy z motywem czteroliścia. Ściany frontowe transeptu, oraz elewacji zachodniej i wschodniej (które mają wielkie, ostrołukowe okna na osi) są zwieńczone bogato zdobionymi szczytami schodkowymi;