Malarstwo ołtarzowe thumb|220px|Ołtarz Mariacki (1619) z obrazami Hermana Hana W ołtarzach zachowały się cenne dzieła malarstwa głównych przedstawicieli baroku gdańskiego i pomorskiego: Hansa Kriega – Przybycie Świętej Urszuli do Kolonii, Śmierć św. Urszuli Hermana Hana i jego uczniów (powstałe w latach 1613-25) – Święta Trójca, Pokłon pasterzy, Wniebowzięcie Najświętszej Marii Panny, Śmierć Marii Magdaleny, Święta Jadwiga Śląska, Święta Rodzina, Św. Elżbieta opatrująca chorego, Siedem Sakramentów (Fons Vitae), Uczta u Leviego Bartłomieja Strobla – Ścięcie Świętego Jakuba, Matka synów Zebedeuszowych przed Chrystusem, Św. Jakub Starszy jako zwycięzca Maurów w bitwie pod Clavijo Andrzeja Stecha z ok. 1670 – Powołanie Macieja na apostoła, Chrystus nad jeziorem Genezaret, Męczeństwo Świętego Andrzeja, Chrzest dworzanina etiopskiego, Wyznanie wiary Świętego Maurycego, Ukrzyżowanie, Droga do Emaus, Chrystus w koronie królewskiej, Męczeństwo Legii Tebańskiej Samuela Buchwalda – Ekstaza św. Bernarda, Św. Benedykt spisujący regułę Jana Peterhacke – Ostatnia Wieczerza