Po sformowaniu brygad CzUHA przydzielono je do różnych dywizji 12 Armii i 14 Armii Armii Czerwonej: 1 Brygadę CzUHA do 44 Taraszczańskiej Dywizji Strzeleckiej, 2 Brygadę CzUHA do 45 Dywizji Strzeleckiej 12 Armii, 3 Brygadę CzUHA do 41 Dywizji Strzeleckiej 14 Armii. Dowódcami i szefami sztabów brygad zostali: 1 – ppłk Alfred Bisanz i płk Alfred Schamanek, 2 – kpt. Julijan Hołowinskyj i mjr Ferdynand Loner, 3 – kpt. Osyp Stanimir i mjr Wilhelm Lobkowitz.
27 lipca 1920 do Naczelnego Dowództwa UHA w Bałcie przybył Wołodymyr Zatonskyj, wyznaczony na nowego dowódcę i rozpoczął reorganizację, likwidując Komendę Główną. Na jej miejsce utworzono Polowy Sztab CzUHA z siedzibą w Bałcie, na czele z galicyjskim komunistą Wasylem Porajką. Do wydziału politycznego wyznaczono innego komunistę galicyjskiego M. Mychajłyka, a do spraw wojskowych sowieckich oficerów: P. Sołoduba i M. Iwanowa. Utworzono także Trybunał Rewolucyjny, któremu przewodniczył Puczko, a po nim Kryczenko. Zreorganizowano też brygady CzUHA.