Żyjąc w odosobnieniu, prowadził niezwykle ascetyczny tryb życia, poszcząc i umartwiając się, większość czasu spędzając na modlitwie i praktykach religijnych. W pustelni spędził ostatnie 23 lata swego życia. 16 grudnia 1898 roku podczas odprawiania mszy świętej dostał udaru mózgu. Zmarł w Wigilię Bożego Narodzenia – 24 grudnia 1898 roku. Został pochowany na klasztornym cmentarzu. Zgodnie z zakonną tradycją niezabalsamowane ciało ubrane w habit zostało złożone w grobie bez trumny.

Kult pustelnika Wydarzenia po śmierci ojca Szarbela Po pogrzebie ojca Szarbela miało miejsce niezwykłe zjawisko. Nad jego grobem pojawiła się niezwykła, jasna poświata, utrzymująca się przez wiele tygodni. Łuna ta spowodowała, że do grobu pustelnika zaczęły przychodzić co noc rzesze wiernych i ciekawskich. Gdy po kilku miesiącach zaintrygowane wydarzeniami władze klasztoru dokonały ekshumacji pochówku, okazało się, że ciało ojca Szarbela jest w doskonałym stanie, zachowało elastyczność i temperaturę ciała osoby żyjącej oraz wydzielało ciecz określaną przez świadków jako pot i krew. Po umyciu i przebraniu zwłoki zostały złożone w drewnianej trumnie i umieszczone w klasztornej kaplicy. Mimo usunięcia wnętrzności i osuszenia z ciała zmarłego dalej sączyła się substancja, która została uznana za relikwię.