W tym okresie podjęto też znaczne prace poza kościołem, przede wszystkim w 1734 zakończono budowę Kalwarii na wzgórzach wokół świątyni, a w 1738 ustawiono przed kościołem barokową kolumnę (wysokości 10 m) z Nepomucenem na szczycie.

Już po zakończeniu głównych prac tej fazy barokizacji kościoła, w 1780 podjęto decyzję o budowie dużej wieży (68 m) kościelnej w miejscu głównego, romańskiego wejścia od strony zachodniej. Wieża zaprojektowana przez wrocławskiego architekta Dahna ukończona została w 1785.

Zniszczenia husyckie oraz barokizacja spowodowały prawie całkowitą zagładę wyposażenia gotyckiego. Zachowała się tylko nieliczne obiekty, m.in. [ rzeźba późnogotycka Matki Boskiej z XV w. oraz obraz ołtarzowy późnogotycki Matki Bożej z Dzieciątkiem.

Pomimo zakończenia głównych prac budowlanych, sytuacja gospodarcza klasztoru w drugiej połowie XVIII w. zaczęła się gwałtownie pogarszać. W 1742 po zajęciu Śląska przez protestanckie Prusy nowe władze nadały miastu Trzebnicy pełną niezależność gospodarczą i sądowniczą od klasztoru (miasto było częściowo niezależne od zakonu od 1257).