W 1810 klasztor, będący wówczas właścicielem 1 miasta, 73 wsi, 25 folwarków i 10 kościołów patronackich uległ sekularyzacji przeprowadzonej w całych Prusach.
W marcu 1811 roku zostały sprzedane albo wystawione na licytację wszystkie wartościowe przedmioty klasztoru: dzieła sztuki, meble, sprzęt i szaty liturgiczne, a nawet drobne akcesoria. Przedmioty te nabywali najczęściej podwładni klasztoru, gdyż pragnęli, aby pozostały one jako pamiątki po dawnym opactwie. Obrazy, które zdobiły krużganek i wnętrze klasztoru oraz dokumenty, księgi i zbiory archiwalne zostały wywiezione do Wrocławia i zgromadzone w zabudowaniach klasztoru kanoników regularnych laterańskich na Piasku we Wrocławiu oraz w Muzeum Sztuki Rzemieślniczej.
Kościół dalej działał, ale tylko jako parafialny. Klasztor był zamieniony na obóz jeniecki dla Rosjan w czasie wojen napoleońskich, w 1813–1816 użytkowano go jako lazaret, w niektórych pomieszczeniach urządzono mieszkania urzędników, w 1817 założono w klasztorze fabrykę sukienniczą, która działała do 1857. Następnie, po nieudanej próbie lokalizacji w klasztorze więzienia, ten był niezagospodarowany. W 1870 część klasztoru wykupili joannici, a w 1889 resztę klasztoru odkupiły boromeuszki.