Jeszcze jako biskup Londynu konsekrował pierwszych biskupów anglikańskich Szkocji.
Arcybiskup Canterbury Arcybiskupem Canterbury i prymasem Anglii Abbot został 4 marca 1611.
Odznaczał się pobłażaniem i względnością dla purytanów, a taką nietolerancją dla katolików, iż na Radzie Najwyższej oświadczył, że król zdradziłby państwo w chwili, w której okazałby najmniejszą tolerancję dla katolików.
W 1614 bronił tezy o istnieniu sukcesji apostolskiej biskupów anglikańskich i ważności kapłaństwa anglikańskich księży. W odpowiedzi na szerzące się pogłoski, że biskup anglikański biskup Matthew Parker został wyświęcony w oberży, zaprosił grupę katolików, by badając przedstawione przez niego dokumenty sami przekonali się, czy pogłoski te są słuszne.
Mimo obrony katolickiej doktryny sukcesji apostolskiej, której zresztą Kościół katolicki odmawia anglikanom, jego purytańskie przekonania często prowadziły go nie tylko do prześladowania katolików, ale nawet do przeciwstawiania się woli królewskiej.