Współtowarzyszące lub niedawno przebyte zakażenie rynowirusem lub adenowirusem sprzyja adhezji bakterii do nabłonka. Zapalenie płuc – zarówno płatowe (najczęstsze miejsce infekcji tą bakterią), jak i odoskrzelowe Zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych – dotyczy zwłaszcza dzieci (w jednym z badań na małej grupie pacjentów przyczyna około 8% tych infekcji), przy czym rokowanie nie jest najlepsze. Zapalenie ucha środkowego i wyrostka sutkowatego Zapalenie zatok Zapalenie opłucnej Zapalenie otrzewnej Zapalenie rogówki Zapalenie stawów Bakteriemia i sepsa
Zakażeniu sprzyja osłabienie układu odpornościowego – wiek do dwóch lat, nowotwory, zaburzenia odporności, immunosupresja, stan po zabiegach, infekcja HIV i inne czynniki. Brak śledziony jest czynnikiem predysponującym do infekcji wszystkimi typami bakterii otoczkowych. S. pneumoniae może być przyczyną zakażeń szpitalnych, ale zdecydowana większość zakażeń jest nabywana poza szpitalem. Dzieci do szóstego miesiąca życia są chronione przez immunoglobuliny matki.
W przeciwieństwie do paciorkowców grupy A, gdzie tworzą się czasami autoprzeciwciała przeciwko m.in. zastawkom serca, przebycie zakażenia pneumokokami nie powoduje długotrwałych konsekwencji przebytej infekcji.