W tym czasie rozgrywała swoje mecze reprezentacja Chorwacji. Jej rywalami byli zazwyczaj drużyny narodowe krajów będących pod kontrolą Niemiec lub państw, które zachowały neutralność. Zadebiutowała już 2 kwietnia 1940 roku spotkaniem ze Szwajcarią w Zagrzebiu, ale w 1940 roku wychodziła na boisko jeszcze jedynie trzy razy. W 1941 roku Chorwaci zostali przyjęci do FIFA. Od 1940 do 1944 roku rozegrali w sumie dziewiętnaście meczów, w których dziewięć razy wygrywali, cztery remisowali i sześciokrotnie przegrywali. Dwukrotnie ulegli Niemcom nazistowskim (po 1:5) i raz drużynie faszystowskich Włoch (0:4). Silniejsi okazali się m.in. od Bułgarów (6:0) i Słowaków (6:1 i 7:3).
W tym czasie, dla drużyn klubowych krajów zaprzyjaźnionych z Państwami Osi, powołano tzw. Europejski Puchar Piłkarski. W 1944 roku w jego finale grał chorwacji Gradjanski Zagrzeb, który w najważniejszym meczu przegrał z węgierskim Nagyvaradi FC 0:4. Gradjanski cieszył się sympatią Ante Pavelicia, a niektórzy piłkarze tego klubu, m.in. Ivan Hitrec i Zvonimir Cimermancić, byli aktywnymi współpracownikami reżimu. Ośrodkiem opozycji był za to Hajduk Split, którego sympatycy w pewnym momencie zmuszeni zostali do ucieczki na wyspę Vis, strzeżoną przez okręty armii brytyjskiej.