Zespół wydał także single „Redundant” i „Nice Guys Finish Last”. Później Green Day wyruszył w największą do tej pory trasę koncertową, na którą zaprosił Jasona White’a jako dodatkowego gitarzystę. Jason White jest członkiem zespołów Pinhead Gunpowder i Influents. Po zakończeniu tournée ukazał się instrumentalny klip „Last Ride In”.
Przerwa (1999) Na kolejny album fani musieli czekać 2 lata. Zespół w ogóle nie pokazywał się w mediach. W tym czasie członkowie przechodzili problemy rodzinne, m.in. Mike i Tré rozwodzili się ze swoimi żonami. W międzyczasie Billie zajmował się swoim drugim zespołem Pinhead Gunpowder, z którym wydał płytę.
Warning (2000–2003) Po przerwie Green Day wrócił z nową piosenką pt. „Minority”, której klip przedstawiał zespół na miniscenie przejeżdżający przez Broadway podczas parady. Symbolizowało to triumfalny powrót zespołu na scenę muzyczną. „Minority” przez 4 tygodnie gościło na pierwszym miejscu amerykańskiej listy przebojów MTV. Miesiąc po premierze singla, 2 października 2000 wydano album Warning, który stylistycznie zbliżony był do Nimroda, lecz był przy tym bardziej spójny. Kolejnym singlem został wybrany tytułowy „Warning”, trzecim zostało „Waiting”.