Od 1926 Rickebacker zajmował miejsca w kierownictwie kilku linii lotniczych: Florida Airways, General Aviation Corporation, North American Aviation, Eastern Air Transport. Przyczynił się do powstania w 1934 ustawowej regulacji amerykańskich władz lotnictwa cywilnego (Civil Aviation Authority), po czym w 1934 został kierownikiem przekształconego Eastern Air Lines. Kupując m.in. nowoczesne samoloty Douglas DC-2 zwiększył konkurencyjność tej linii, która następnie przez długie lata jako jedyna linia lotnicza obywała się bez subwencji rządu USA. W 1938 roku wykupił ze wspólnikami Eastern Air Lines, zostając jej prezesem.
W ocenie publicznej, Rickenbacker jako prezes był wymagający zarówno od siebie, jak i od pracowników, jednakże mimo trudnego charakteru, w zarządzanych przez siebie firmach dbał o dobro pracowników i pasażerów, m.in. optymalizując koszty, obniżając ceny, polepszając warunki pracy, bezpieczeństwo i poziom obsługi. Swoje zajęcia traktował jako rodzaj misji publicznej.