W zależności od stanu dziecka operację Fontana wykonuje się z fenestracją, czyli wykonaniem otworu pomiędzy przedsionkami, przez który jeszcze krew utlenowana miesza się z nieutlenowaną (fenestrację zamyka się przezskórnie w odstępie czasu od operacji) lub w przypadku bardzo dobrych parametrów rezygnuje się z wykonania fenestracji i w takim przypadku zabieg ten rozdziela już całkowicie krążenie płucne od systemowego, dzięki czemu saturacja wzrasta do 95–99%.

Intensywnie badaną techniką jest całkowite połączenie żylno-płucne wykonane metodami kardiologii interwencyjnej przy użyciu pokrytego politetrafluoroetylenem stentu (covered stent). Zabieg wymaga odpowiedniego przygotowania pacjenta w czasie II etapu leczenia. Wówczas w obręb ujścia żyły głównej dolnej (VCI) i żyły głównej górnej (VCS) wszywa się fragmenty stentów (niepełne pierścienie) stanowiące rusztowanie, znacznik oraz „punkt zaczepienia”. Całkowite połączenie żylno-płucne polega na wprowadzeniu pokrytego stentu umocowanego na balonie przez żyłę udową i ustawieniu go na granicy ujść żył głównych. Rozprężenie balonu pod kontrolą angiografii i echokardiografii pozwala na dokładne umiejscowienie stentu we właściwej pozycjiSallehuddin A, Mesned A, Barakati M et al. Fontan completion without surgery.