Podczas kampanii nad Prutem w 1711 Apraksin dowodził na Morzu Czarnym. W marcu 1711 dowodził armia oblegającą Wyborg. Po zdobyciu w czerwcu obleganej twierdzy otrzymał Order św. Andrzeja Apostoła Pierwszego Powołania i mianowany został gubernatorem podbitych prowincji (Estonii, Ingrii i Karelii). W 1712 prowadził pertraktacje z Turkami, które zakończyły się zawarciem pokoju za cenę zniszczenia twierdzy Taganrog i oddania Azowa.
W 1713 dowodził flotą rosyjską podczas zdobywania Helsinek. Swoimi działaniami na morzu osłaniał operację podboju Finlandii, odnosząc w 1714 wielkie zwycięstwo w bitwie pod Hanko. W tym samym roku towarzyszył carowi wznoszącemu nowy port w Rewlu.
Do końca wojny osobiście kierował desantami na terytorium Szwecji, niszcząc nieprzyjacielski kraj niemiłosiernie i w ten sposób skłaniając Szwedów do zawarcia pokoju w Nystad, na mocy którego Szwedzi zrzekli się na rzecz Rosji swych najlepszych nadbałtyckich prowincji. W uznaniu zasług został senatorem i głównym admirałem Imperium Rosyjskiego.