Końcowe lata W 1715 Apraksin popadł w tymczasową niełaskę u cara, kŧóry dowiedział się o nieporządkach i pijatykach w Admiralicji. Po krótkim śledztwie został oczyszczony z zarzutów, a następnie mianowany gubernatorem Estonii. W 1719 prowadził rosyjską morską ekspedycję do Zatoki Botnickiej. Podczas wojny rosyjsko-perskiej (1722–1723) ledwo zdołał uniknąć śmierci z ręki Czeczenów.
Podczas gdy jego starszy brat Piotr Apraksin (gubernator Astrachania) został oskarżony o sprzyjanie carewiczowi Aleksemu, Fiodor gorliwie demonstrował swój zapał w prześladowaniu carewicza.
Po śmierci cara Piotra w 1725 rządy nad Rosją przejęła jego żona Katarzyna I, która obdarowała schorowanego Apraksina Orderem Aleksandra Newskiego i mianowała go członkiem Najwyższej Rady Państwa, którą powołała by sprawniej rządzić Imperium. Ostatnią ekspedycją Apraksina była wyprawa do Rewla w 1726, mająca na celu ochronę miasta przed przewidywanym atakiem Anglików, z którymi Rosja pod rządami Katarzyny I miała napięte stosunki.